Enzyme evolution

我一直都对比较大的蓝图感兴趣，如果当时有意识地去选择，自己可能就会去做Bioinformatics相关的研究了。（为什么不去当码农。。。）可能因为这个的缘故，我对enzyme evolution也一直有那么点兴趣。

去年 Doug sabbatical，于是他们组有半年与我们组一起开联合组会，我也得知这一与我们同幢楼的实验室具体是做的什么。今年年初的时候学校搞了个 minicourse in statistics，Doug也在其中开了一门 *Bayesian Methods for Analysis of Protein Evolution*。一眼督见后面两个单词的我想着正和朕意，便报名上课。课程很短，除去一天基本上是废话基础介绍的Linux/R的入门课外，正式课程只有三天。而在其中Doug讲了两天的概率（我还没带纸笔，只能用Emacs来记笔记，简直头大）。不过第三天的实战(BLAST+ClustalOmega+Phyml+BAli-Phy)确实算带我入了门。不得不说一个搞生化研究的老师比一个搞计算机的老师在演示BLAST时，关注的重点要实用许多。

不过虽然有上手操作，这毕竟还是课程，而我缺少课堂学习的能力，所以还需实例演示。也是凑巧，Doug昨天讲了个seminar，正是关于他如何用evolutionary手段玩弄LDH和MDH两种酶的，听完之后基本上明白了实战的思路，回家又顶着高烧扫了一遍他的文章们，大致也摸出了基本的套路：

  • 他们组自己关于LDH/MDH的几篇文章：和seminar上讲的差不多，但是有具体的实验方法说明呀；
  • 他的几篇理论性文章：跟他上课的内容互为补充；
  • 他和其他组合作的文章：和Miller爷爷合作的ion channel的，和Oprian合作的rhodopsin的，和Kern合作的thermoadaptation的，和Garrity合作的果蝇thermosensor的。只想吐槽好多Nature Science啊。。

然后我就跃跃欲试了。然后就遇到了fasta文件预处理的问题，然后不折腾不死星人便想着，刚好最近用过几次Vim，要不就用它来预处理吧。于是文章的第二部分诞生了。

Vim中查找与替换

vim中查找是/，替换是:s，基本命令是:[range]s/search/replace/[flags]。

其中[range]可以为1,10, 1,, 1, %，最后一个是所有行；

[flags]可以为cconfirm， eerror不显示， gglobal整行，iignore大小写 。

元字符有., *, \, [, ^, $, 使用时需转义。

通配符 说明
. 任意字符
[abc] 方括号以内的任意字符
[\^abc] 除方括号以外的任意字符
\d 阿拉伯数字，即[0-9]
\D [\^0-9]
\x 十六进制数字，即[0-9A-Fa-f]
\X [\^0-9A-Fa-f]
\l 小写字母，即[a-z]
\L [\^a-z]
\u 大写字母，即[A-Z]
\U [\^A-Z]
\w 单词字母，即[0-9A-Za-Z_]
\W [\^0-9A-Za-Z_]
\t <TAB>
\s 空白字符，即[\t]
\S [\^\t]
数量 说明
* 0-任意个
\+ 1-任意个
\? 0-1个
\{n,m} n-m个
\{n} n个
\{n,} n-任意个
\{,m} 0-m个
位置 说明
^ 行首
$ 行尾
\< 词首
\> 词尾

后来发现好像sed更好用，不过也没差啦。

参考：

  1. Vim查找替换及正则表达式的使用
  2. Search and replace